是的，如果清华同方螺杆机组进水了，清洗系统是必要的步骤。

进水后，机组内部可能会残留水分、杂质和污垢，这些不仅可能影响机组的正常运行，还可能对机组的部件造成损害。因此，清洗系统可以有效去除这些残留物，恢复机组的正常工作状态。

在清洗过程中，维修人员会先处理冷凝器和蒸发器里的水份，使用特定的清洗剂进行循环清洗，以去除内部的污垢和残留物。然后，通过氮气吹扫和烘干步骤，进一步确保机组内部的干燥和清洁。

完成清洗后，还需要进行抽真空处理和机组开机调试，以确保机组内部没有残留的水分，并检查机组的运行状态是否正常。

因此，如果清华同方螺杆机组进水了，强烈建议进行清洗系统处理，以确保机组的正常运行和延长使用寿命。同时，为了确保操作的安全和有效性，建议联系北京航天君信制冷设备有限公司的维修人员或厂家进行清洗和维修工作，何总18612000715。