如果清华同方螺杆机组的电机烧坏了，建议采取以下步骤处理：

首先，请务必停止机组的运行，并断开电源，以确保安全。电机烧坏可能是由于多种原因导致的，如过载、不良冷却、环境温度过高或电机本身损坏等。

接下来，联系北京航天君信制冷设备有限公司的维修人员或清华同方的售后服务团队。他们有丰富的维修经验，可以对电机进行详细的检查和故障诊断。他们将检查电机的绕组、绝缘层和其他关键部件，以确定损坏的具体原因和程度。

根据故障诊断的结果，维修人员会给出相应的维修建议。如果电机只是部分损坏，可能只需要更换某些损坏的部件或进行维修。然而，如果电机整体损坏严重，无法修复，那么可能需要更换整个电机。

在维修或更换电机后，建议对螺杆机组进行全面的检查和测试，以确保其正常运行和性能稳定。此外，为了防止类似问题再次发生，建议定期对螺杆机组进行维护和保养，注意电机的工作状态，及时调整工作负荷，并确保冷却系统的正常运行。

总之，当清华同方螺杆机组的电机烧坏时，及时联系北京航天君信制冷设备有限公司的维修人员，按照他们的建议进行维修或更换电机，并加强机组的日常维护和保养，以确保其长期稳定运行。